recompileでプロジェクト全体を、r Module.Nameで指定したモジュールのみを再コンパイルすることができます。

以下実行例:

# hoge.ex
defmodule Hoge do
  def hoge, do: IO.puts "hogeeee"
end

このhoge.exをロードする。

iex(3)> c("hoge.ex")
[Hoge]
iex(4)> Hoge.hoge
hogeeee
:ok

その後、hoge.exを以下のように編集。

defmodule Hoge do
  def hoge, do: IO.puts "fugaaaaaa"
end

これをrで再読み込み。

iex(6)> r Hoge
warning: redefining module Hoge (current version defined in memory)
  hoge.ex:1

{:reloaded, Hoge, [Hoge]}
iex(7)> Hoge.hoge
fugaaaaaa
:ok

なお、iex -S mixで起動している場合は、recompileでmixのプロジェクト全体を再コンパイルできます。